Como en la mayoría de las enfermedades autoinmunes no se conoce una etiología única de esta enfermedad. En cambio, se sabe que pueden influir diversos estímulos
Dentro de la predisposición genética tenemos que existen genes de riesgo asociados al HLA como el DR y DQ los cuales, representan la mayor parte; aunque su prevalencia varía entre grupos étnicos.
Los alelos DQA1*05:01, DQB1*02:01 y DRB1*03:01 están asociados con alto riesgo para la enfermedad, mientras que DQA1*03:01, DQA1*0501 y DQB1*05:01 se han relacionado con protección.
Por otra parte algunos factores genéticos no asociados al HLA se han relacionado, predominantemente los asociados a interferón alfa a través del factor regulador de interferón 5 (IFR5) que codifica la transcripción del IFN tipo I y a la señal de transducción-activación de transcripción 4 (STAT4) que induce la diferenciación de los linfocitos T a Th1. Se comprende que estos son los más importante, aúnque no es claro por qué a pesar que no se ven desregulados otros genes no HLA (como el de la expresión de IL6) este se ve elevado en manifestaciones extraglandulares y severidad de la enfermedad.
