El uso de US terapéutico, tiene relevancia clínica por que logra efectos en tejidos profundos donde otros agentes físicos como las compresas húmedo calientes, la hidroterapia o a parafina no logran llegar, por ejemplo en zonas con musculatura profunda o articulaciones, sin embargo puesto que el transductor (aplicador) tiene un área pequeña, sólo puede utilizarse en zonas pequeñas y localizadas.
Otro punto importante a resaltar es que dado que los tejidos con alto nivel de colágeno absorben más el US, tejidos como los tendones y ligamentos se ven beneficiados con la aplicación de este agente físico, lo cual es de ayuda en distintos padecimientos como esguinces, tendinitis, capsulitis, etcétera.
Finalmente cabe destacar que su aplicación puede favorecer la penetración transdérmica de medicamentos tópicos, gracias a las ondas sonoras (fonoforesis) al incrementar la permeabilidad de la capa más externa de la piel, lo que proporciona una concentración inicial del fármaco mayor en el punto de administración, evita la irritación gástrica y evita el metabolismo de primer paso por el hígado.